Vor dem Hintergrund der Finanzkrise will die EU-Kommission die Flexibilität der Strukturfonds erhöhen. Dies hat EU-Regionalkommissarin Danuta Hübner angekündigt: "Wir tun alles, um sicherzustellen, dass jeder Euro aus den Strukturfonds auf wirksame Weise ausgegeben wird. Wir passen die Kohäsionspolitik den neuen wirtschaftlichen Gegebenheiten an und ermöglichen es den Mitgliedstaaten, die EU-Investitionen als Mittel gegen die Krise bestmöglich einzusetzen."
Die EU-Kommission sieht vor, die Frist, binnen deren die EU-Staaten ihre Mittel aus dem Förderzeitraum 2000-2006 aufbrauchen müssen, um sechs Monate zu verlängern. Für den Haushaltszeitraum 2000-2006 wurden 257 Milliarden Euro für die Mitgliedstaaten bereitgestellt. Davon wurden bisher 225 Milliarden Euro ausbezahlt, d. h. 87,5 Prozent des Gesamtbetrags. Die Mitgliedstaaten können nun Zahlungen für diesen Zeitraum noch bis zum 30. Juni 2009 tätigen. Durch diese Flexibilität werden die Mitgliedstaaten und die Regionen in die Lage versetzt, mehr Projekte vor Ort durchzuführen und abzuschließen.Die EU-Kommission hat auch eine Maßnahme beschlossen, durch die den Mitgliedstaaten und den Regionen mehr Flexibilität bei der Aufteilung von Mitteln auf die verschiedenen Prioritäten eingeräumt wird. Dazu erklärte EU-Regionalkommissarin Hübner: "Die Situation, in der wir uns heute befinden, unterscheidet sich grundlegend vom wirtschaftlichen Umfeld des Jahres 2000, als die Prioritäten vereinbart wurden. Die Kommission weiß um die außergewöhnlichen Umstände, mit denen die Mitgliedstaaten heute fertig werden müssen, und hat daher beschlossen, die Flexibilität zwischen Prioritäten von zwei auf zehn Prozent, also auf das Fünffache, zu erhöhen. So wird es den Mitgliedstaaten möglich sein, die verbleibenden Mittel dort einzusetzen, wo ihre Wirkung am größten ist."
