Von 1995 bis 2004 hat der Bund der Region Bonn rund 1,44 Milliarden Euro als Ausgleich für den Verlust des Sitzes von Parlament und Regierung gezahlt. Dies geht aus der Antwort der Bundesregierung auf eine Kleine Anfrage der Linksfraktion zu den Bund-Länder-Finanzbeziehungen hervor. Das Land Berlin erhielt den Angaben zufolge für hauptstadtbedingte Aufgaben rund 1,38 Milliarden Euro.
Grundlage der Zahlungen an Bonn ist die Vereinbarung über die Ausgleichsmaßnahmen für die Region Bonn vom 29. Juni 1994 gewesen. Für Bonn in seiner Funktion als Bundesstadt zahle der Bund derzeit rund 5,11 Millionen Euro jährlich. Die Förderung von Einrichtungen mit gesamtstaatlicher Bedeutung wie das Haus der Geschichte sei darin nicht einbezogen. Zwischen 1995 und 2006 erhielt das Land Berlin vom Bund rund 1,38 Milliarden Euro für hauptstadtbedingte Investitionen in die Verkehrsinfrastruktur, für die Kultur sowie für Sonderbelastungen aufgrund erhöhter Sicherheitsbedürfnisse. Grundlagen sind der Vertrag zwischen der BDR und dem Land Berlin vom 30. Juni 1994 sowie seine Anschlussvereinbarungen. Wie es weiter heißt, stellt der Bund bis Ende 2009 rund 371 Millionen Euro für Bauten im Berliner Parlaments- und Regierungsviertel zur Verfügung. Allein in diesem Jahr seien dafür 12,8 Millionen Euro vorgesehen. Für den weiteren Bau der U-Bahn-Strecke U 5 in Berlin ist der Bund nach eigenen Angaben bereit, von den auf 28 Millionen Euro geschätzten Kosten für die Herstellung der Strecke einschließlich der Haltepunkte Lehrter Bahnhof, Reichstag und Brandenburger Tor bis zu 24 Millionen Euro aus Mitteln nach dem Hauptstadtfinanzierungsvertrag bereitzustellen. Dieses Jahr seien bereits 2 Millionen Euro veranschlagt. Darüber hinaus stünden weitere rund 71 Millionen Euro an Hauptstadtmitteln zur Verfügung. Für die Kulturförderung in Berlin seien in diesem Jahr Bundesmittel in Höhe von rund 107 Millionen Euro vorgesehen. Zur Deckung hauptstadtbedingter Kosten im Sicherheitsbereich hat der Bund der Antwort zufolge im vergangenen Jahr rund 38,35 Millionen Euro gezahlt. Der gleiche Betrag sei auch für 2007 vorgesehen.